به‌منظور ارزیابی کیفیت شرب آب زیرزمینی شهرکرد براساس یک شاخص کیفیت آب زیرزمینی (GWQI) در محیط سامانه اطلاعات جغرافیایی، مؤلفه‏های pH، EC، TDS (کل جامدات محلول)، TSS (کل جامدات معلق)، کدورت،+2Ca، +2Mg، Na+، K+، Cl- ،-3 HCOو SO42- در 97 حلقه چاه اندازه‌گیری و سختی کل محاسبه شد. نقشه‌های مؤلفه‌ها به‌روش زمین‏آماری ترسیم شد. این نقشه‌ها حاکی از کیفیت خوب آب در شمال غربی آبخوان و کاهش کیفیت به‌طرف جنوب آبخوان بود. پس از نرمال‏کردن نقشه هر مؤلفه و تبدیل به نقشه رتبه و استخراج وزن هر مؤلفه از نقشه رتبه، نقشه شاخص GWQI (با مقادیر عددی بین صفر تا 99) تهیه شد. کیفیت آب زیرزمینی شهرکرد براساس میانگین نقشه شاخص، 84، مناسب بوده و شاخص کیفیت از شمال غرب (87=GWQI) به‌سمت جنوب کاهش می‌یابد (80=GWQI). علت این کاهش کیفیت به‌وجود مراکز صنعتی، دامداری و کشاورزی فشرده، تصفیه‏خانه فاضلاب در جنوب دشت و نیز جهت شمال به جنوب گرادیان هیدرولیکی نسبت داده شد. تحلیل حساسیت به‌روش حذف تک نقشه‌ها نشان داد شاخص GWQI در سفره شهرکرد نسبت به TSS و تا اندازه‌ای Na+ حساس‌تر است. بنابراین این دو مؤلفه بایستی با دقت و تکرار بیشتری پایش شوند.