ازآنجاکه پایداری طولانی‌مدت اکوسیستم‌های باغی وابسته به حفظ کیفیت خـاک اسـت، آگـاهی از وضـعیت خـاک‌هـا و بررسی آثار فعالیت‌های صورت‌گرفته بر خصوصیات خاک بـسیار مهـم و در مـدیریت بوم نظام مـؤثر است. به‌منظور بررسی شاخص کیفیت خاک باغات بادام (Prunus dulcis) تحت شیوه¬های مختلف مدیریت شده استان چهارمحال‌وبختیاری، 40 نمونه خاک مرکب از سه‌نقطه در هر باغ برداشت شد و در نهایت به 6 گروه (سامان، بن، شهرکرد، کیار، اردل و فارسان) طبقه‌بندی شدند. برای تعیین شاخص کیفیت خاک، ویژگی خاک شامل pH، EC، کربن آلی کل و محلول در آب، تنفس پایه و ناشی از بستره، جمعیت میکروبی ریزوسفر، فسفر و پتاسیم قابل‌دسترس خاک مورد تجزیه‌وتحلیل قرار گرفت. نتایج نشان داد که نحوه مدیریت باغات بادام در مناطق مختلف روی ویژگی‌های خاک و فرایندهای ارزیابی‌شده در این مطالعه تأثیر گذاشت. پایش خصوصیات خاک نشان داد که pH بین 7/05 تا 8/48، EC بین 0/23 تا 2/91 دسی‌زیمنس بر متر، تنفس میکروبی بین 0/44 تا 8/57 میلی‌گرم CO2 در 100 گرم خاک در روز، کربن آلی 2/09 تا 44/79 گرم بر کیلوگرم، فسفر قابل‌دسترس بین 1/5 تا 122/3 میلی‌گرم بر کیلوگرم و پتاسیم قابل‌دسترس بین 2/91 تا 3038 میلی‌گرم بر کیلوگرم بود. اجزای شاخص کیفیت خاک شامل جزء شیمیایی، فعالیت میکربی، جمعیت میکروبی و کربن آلی خاک تعیین شد. سهم شوری خاک در کیفیت خاک، به‌دست‌آمده با استفاده از تجزیه عاملی، بیشترین (31 %) بود و پس از آن ضریب معدنی‌شدن کربن میکروبی (27 %)، جمعیت میکروبی ریزوسفری (24 %) و کربن آلی محلول در آب (18 %) بود. مقادیر شاخص کیفیت خاک برای باغ‌های بادام سامان، بن، شهرکرد، کیار، اردل و فارسان به ترتیب 0/46، 0/40، 0/51، 0/67، 0/54 و 0/37 بود. این مقادیر نشان می‌دهند که خاک‌های ارزیابی‌شده برای تولید بادام در شهرکرد، کیار و اردل مناسب هستند و برای سامان، بن و فارسان نیاز به اقدامات مدیریتی جدی برای بهبود کیفیت خاک و افزایش پایداری این اکوسیستم‌های کشاورزی وجود دارد.