به منظور تعیین تنوع ژنتیکی بین برخی توده‌های بومی یونجه زراعی، شش جمعیت ایرانی بمی، رهنانی، نیک شهری، همدانی (از منطقه اصفهان)، همدانی (ازمنطقه شیراز)، یزدی و یک جمعیت رنجر آمریکایی با 24 جایگاه ریز ماهواره طراحی شده از مناطق (Expressed Sequence Tags (ESTs گیاه Medicago truncatula و سه جایگاه ریز ماهواره‌ای شناسایی شده از کتابخانه ژنومی M. sativa ارزیابی شدند. بر اساس نتایج تکثیر باندهای مورد نظر و میزان چند شکلی، از بین آغازگرهای به کار رفته چهار جایگاه (EST-SSR (AW9,BEE,TC6,TC7 و یک جایگاه ریز ماهواره ژنومی (AFct32) برای تخمین تنوع ژنتیکی میان جمعیت‌های یونجه مورد بررسی مناسب تشخیص داده شدند. در مجموع 46 آلل برای این جایگاه‌ها در جمعیت‌های یونجه ردیابی شد. تعداد آلل‌های هر جمعیت در هر جایگاه از شش تا یازده متغیر بود و شاخص تنوع ژنتیکی جایگاه‌ها در میان جمعیت‌ها از 62/0 تا 87/0 برآورد شد. تجزیه و تحلیل روابط ژنتیکی بر اساس اطلاعات EST-SSR، جمعیت رنجر آمریکایی را به طور کامل از جمعیت‌های یونجه ایرانی متمایز نمود. بنابراین به نظر می‌رسد که والدین این یونجه متفاوت از جمعیت‌های ایرانی باشد. بر اساس دندروگرام رسم شده، جمعیت‌های یونجه ایرانی به دو گروه اصلی تقسیم شدند. ارقام سردسیری همدانی و رهنانی در یک گروه و ارقام گرمسیری بمی، یزدی و نیک شهری در گروه دیگر قرار گرفتند. موقعیت مناطق ریز ماهواره‌های EST در ناحیه کد شونده ژنوم، احتمالاً قابلیت استفاده از این نوع نشانگرها را برای روشن کردن روابط بین جمعیت‌های یونجه افزایش می‌دهد