ارزیابی کیفی منابع آب در سال‌های اخیر همزمان با کاهش کمیت آن از اهمیت بسیاری برخوردار گردیده است. دریاچه سد زاینده‌رود به‌عنوان مهمترین منبع تامین آب آشامیدنی و کشاورزی جمعیت زیادی از ساکنان استان‌های چهارمحال و بختیاری، اصفهان و استان‌های همجوار از جایگاه ویژه‌ای برخوردار است. به‌منظور ارزیابی کیفیت آب، تعداد ۵ ایستگاه نمونه برداری در نقاط مختلف این دریاچه انتخاب و با تناوب ۴۵ روز یکبار در طی سال ۱۳۹۲ اقدام به‌نمونه برداری از اعماق مختلف آب گردید. فراسنجه‌های فیزیکی و شیمیایی شامل؛ اکسیژن محلول، نیترات، نیتریت، آمونیوم، سختی، pH، EC، TDS و BOD۵ اندازه‌گیری شد و شاخص کیفیت آب (WQI) در ایستگاه‌ها و مراحل مختلف نمونه برداری محاسبه شد. درمجموع نتایج حاصل، کیفیت آب دریاچه سد زاینده رود را با استفاده از شاخص WQI و براساس شرایط موجود در تمام طول سال در طبقه خوب (۵۰-۱۰۰) قرار داد. بیشترین میزان شاخص کیفیت آب (۶۳/۸۴) به فصل تابستان و کمترین میزان آن (۴۱/۶۶) به فصل پاییز تعلق داشت.که در هر دو زمان کیفیت آب را در طبقات خوب ارزیابی می‌نمایند. با این حال روند تغییرات مشاهده شده در دامنه فوق به‌خصوص در فصل تابستان و بخش‌هایی از دریاچه نگران کننده بوده و دقت نظر بیشتر در مدیریت حوزه آبخیز سد و پایش مستمر آن را طلب می‌کند.
