به‌منظور ارزیابی کیفیت شرب آب زیرزمینی شهرکرد براساس یک شاخص کیفیت آب زیرزمینی (GWQI) در محیط سامانه اطلاعات جغرافیایی، مؤلفههای pH، EC، TDS (کل جامدات محلول)، TSS (کل جامدات معلق)، کدورت،+۲Ca، +۲Mg، Na+، K+، Cl- ،-۳ HCOو SO۴۲- در ۹۷ حلقه چاه اندازه‌گیری و سختی کل محاسبه شد. نقشه‌های مؤلفه‌ها به‌روش زمینآماری ترسیم شد. این نقشه‌ها حاکی از کیفیت خوب آب در شمال غربی آبخوان و کاهش کیفیت به‌طرف جنوب آبخوان بود. پس از نرمالکردن نقشه هر مؤلفه و تبدیل به نقشه رتبه و استخراج وزن هر مؤلفه از نقشه رتبه، نقشه شاخص GWQI (با مقادیر عددی بین صفر تا ۹۹) تهیه شد. کیفیت آب زیرزمینی شهرکرد براساس میانگین نقشه شاخص، ۸۴، مناسب بوده و شاخص کیفیت از شمال غرب (۸۷=GWQI) به‌سمت جنوب کاهش می‌یابد (۸۰=GWQI). علت این کاهش کیفیت به‌وجود مراکز صنعتی، دامداری و کشاورزی فشرده، تصفیهخانه فاضلاب در جنوب دشت و نیز جهت شمال به جنوب گرادیان هیدرولیکی نسبت داده شد. تحلیل حساسیت به‌روش حذف تک نقشه‌ها نشان داد شاخص GWQI در سفره شهرکرد نسبت به TSS و تا اندازه‌ای Na+ حساس‌تر است. بنابراین این دو مؤلفه بایستی با دقت و تکرار بیشتری پایش شوند.
